ヒトの消化管内には，細菌とともに真菌，ウイルス(ファージ)が共生し複雑な微生物叢が形成されている．次世代シークエンサーをはじめとしたゲノム解析技術の進歩により，さまざまな疾患と腸内細菌を含めた腸内微生物叢の関係が解明されている．その結果，これまで予想されていなかった疾患において腸内細菌叢の構成や多様性の変化(dysbiosis)が起こり，病態形成のみならず薬剤への反応性にも関与していることが明らかになった．また，短鎖脂肪酸などの腸内細菌代謝産物と全身のエネルギー代謝，免疫能との関係や口腔内細菌と大腸発癌の関係など，新たな視点からの研究も展開されている．このワークショップでは，IBDやIBSなどの消化管疾患のみならず，NASHや肝癌などの肝疾患，PSCや膵癌などの胆膵疾患など消化器疾患における最新の腸内微生物叢研究の成果を発表いただき，新たな治療法への展開について討論したい．